Por Jorge Luis Alonso G.
El Centro Internacional de la Papa (CIP) ha integrado varias herramientas en un programa con el fin de caracterizar los rasgos fenotípicos de los tubérculos a través de imágenes, agilizando de esta manera los trabajos de investigación en mejoramiento genético y las actividades de clasificación de los bancos de germoplasma.
El programa permite un estudio combinado de rasgos fenotípicos (particularidades visibles) y genotípicos (diferencias heredables), haciendo aún más útiles los resultados para los investigadores.
La caracterización de rasgos fenotípicos se realiza actualmente de manera visual, con el apoyo de descriptores de formas y estructuras, pero consume mucho tiempo y se presta a errores cuando de un número grande de materiales se trata. Es frente a estas deficiencias que un análisis automatizado se hace imprescindible.
El analizador de formas, como se ha llamado al programa, utiliza EBImage en conjunto con el paquete estadístico “R”, la librería rpart, GTK2 y el programa Image Magick. Es una herramienta que considera las formas más usuales de los tubérculos: comprimido, redondo, oblongo, oblongo-alargado y alargado, y las formas secundarias: no aplanado y aplanado. Además realiza diversas medidas de los tubérculos, como son distancia apical, basal, diámetro y longitud, y las proporciones respectivas de estas medidas.
El grupo de investigación del CIP probó la eficiencia del programa al estudiar más de 400 fotos de tubérculos de papa procedentes del área de mejoramiento y germoplasma del centro.
Al tomar las fotos de los tubérculos, estas fueron codificadas y acompañadas de una mini carta de colores y una regla, facilitando así el reconocimiento de formas y permitiendo un análisis cuantitativo de forma y colores.
Simultáneamente los investigadores caracterizaron de la forma tradicional (visual) una submuestra de 100 clones.
El analizador de formas demostró alta precisión al clasificar las fotos. El error fue de 1.2% y 0.5% para formas generales y formas secundarias, respectivamente.
Algo que le queda muy en claro al equipo de trabajo es que aunque los programas puedan ayudar a realizar trabajos rutinarios y mecánicos, siempre serán necesarios los conocimientos de los investigadores para concluir los procesos, en este caso, para seleccionar el material correcto de las fotos y discriminar otras características de los tubérculos.
Actualmente, el analizador es un programa versión alpha, es decir en una fase temprana de desarrollo.
Vea el poster que se presentó en el XXV Congreso de la Asociación Latinoamericana de la Papa (ALAP) realizado en Uberlandia, Brasil, entre el 17-21 de septiembre de 2012-
Mayor información sobre el trabajo:
Vilma Hualla
Centro Internacional de la Papa (CIP)
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