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El CIP unifica la terminología usada en la ontología de las papas mejoradas

CECILIA 1-750755

Resumen de la ponencia titulada “Desarrollo de Ontologías para papas mejoradas” que Vilma R. Hualla, investigadora del Centro Internacional de la Papa (CIP), presentó en el XXVI Congreso bienal de la Asociación Latinoamericana de la Papa (ALAP), celebrado en septiembre del 2014 en Bogotá.

Introducción

El proyecto de Ontología de Cultivos ha sido identificado como una iniciativa del “Generation Challenge Program” (GCP), liderado por “Bioversity International” y ejecutado por el Centro Internacional de la Papa (CIP), como una herramienta fundamental para la gestión y análisis de la información relacionada con los cultivos.

En los últimos años en la agricultura se ha notado un incremento en las terminologías relacionadas con el fenotipo, germoplasma, pedigrí entre otros, generando una demanda de crear vocabularios controlados y ontologías que permitan el fácil intercambio de información entre diferentes entidades.

Esto permitirá que la aplicación de técnicas de minería de datos numéricos pueda ser aplicada para ayudar a descubrir correlaciones previamente desconocidas.

En el CIP se está desarrollando las ontologías de papa como parte de un esfuerzo de la comunidad científica.

Materiales y métodos

Las Ontologías para morfología en papa se basaron en descriptores morfológicos desarrollados para papas nativas y silvestres  [3,4], así como en  evaluaciones de  materiales  estandarizados [2].

También se consideraron los  rasgos relevantes que los mejo radores utilizaron en la generación de catálogos por el Centro Internacional de la Papa [5].

Asimismo esta información se analizó con la lista de características de los descriptores de las variedades de papa [7]. Y se realizaron comparaciones de diferentes ontologías disponibles en la web de la comunidad de “Ontologías de cultivos” para solanácea, yuca, haba y maíz [6].

Resultados

La ontología de la papa incluye 73 rasgos, distribuidos de la siguiente manera:

  • descriptores morfológicos (41)
  • agronómicos (6)
  • de resistencia (7)
  • bioquímicos (7)
  • reacción al estrés abiótico (2)
  • características fenológicas (1), y
  • poscosecha (9)

En las ontologías de papa se menciona 41 descriptores morfológicos los cuales se agrupan dentro de seis subgrupos:

  • características de plantas (1)
  • inflorescencia (12)
  • características de hojas (11)
  • de tallo (2)
  • tubérculos (11)
  • brotes (3), y
  • molecular (1)

Dentro de las características de planta tenemos el hábito de crecimiento de la planta que se relaciona con hábito de planta (solanáceas-SP000003).

En tubérculo, el color predominante de la piel con superficie del color de la raíz  (Yuca-CO_334:0000053) y color de grano (maíz-CO_322:0000205).

En los descriptores nutricionales, la Vitamina C se relaciona con yuca CO_334:0000065, ácido cítrico en solanáceas (SP: 0000166).

Conclusiones

La construcción de una ontología, especifica, formaliza un aspecto crucial del trabajo terminográfico. Sin embargo se debe considerar los beneficios de este trabajo: obtener un conocimiento más profundo del dominio de datos relacionados a varios cultivos, además por supuesto de la disponibilidad de un recurso valioso con unas posibilidades de reutilización muy grandes en campos muy diversos.

La ontología esta accesible en: http://www.cropontology.org/ ontology/CO_330/Potato

Referencias bibliográficas

[1] Haverkort A. J. & J. L. Top 2010. The Potato Ontology: Delimitation of the Domain, Modelling Concepts, and Prospects of Performance https://www.wageningenur.nl/en/Publication-details.htm?publicationId=publication-way-343035343934

[2] International Potato Center (CIP). 2012. Procedures for Standard Evaluation and Data Management of Advanced Potato Clones.

[3] Gómez, R. 2000. Guía para las caracterizaciones morfológicas básicas en colecciones de papas nativas.

[4] Gómez R, Salas A, Carrillo O, Gaspar O, Tay, D 2010.Morphologic descriptors of wild (W) and cultivated potatoes Solanum Sect Petota Unpublished.[5] CIP 2014 http://www.cipotato.org/catalogue

[6] Ontologia de yuca, Solanaceas y Maízon http://www.cropontology.org

[7] OMB NO 0581-0055 U.S. Department Of Agriculture Exhibit C Agricultural Marketing Service Science And Technology Plant Variety Protection Office  Beltsville, Md 20705. Objective Description Of Variety Potato (Solanum tuberosum L.) (USDA)

Hualla, Vilma R1.; Gómez, Rene1; Salas, Alberto1; Salas, Elisa1;Cordova, Raúl1; De Haan, Stef.1;Bonierbale, M1 y Reinhard, S.1 1 Centro Internacional de la Papa (CIP), Apartado 1558, Lima 12, Perú .E-mail: v.hualla@cgiar.org

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